12月6日，由国家发展和改革委员会、农业部、国家档案局等有关部门和相关领域的21名专家组成的验收委员会，听取了农作物基因资源与基因改良重大科学工程项目总结汇报、预验收意见、专家组验收意见，实地考察了项目现场，并就有关问题进行了质询。
　　验收委员会认为，建设单位按批复完成了全部建设任务，项目管理规范，工程质量合格，运行良好，开放共享度高，成效显著，使我国具有了世界先进、国内领先的作物基因资源与基因改良研究核心设施和技术平台。经过认真审议和充分讨论，验收委员会一致同意通过国家验收。
　　国家发展和改革委员会副主任张晓强在讲话时说，农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程是我国农业和生物领域第一个国家重大科学工程，是我国农业科学基础研究与应用基础研究领域能力建设的重大进步和标志性工程，该工程的建成，使我国具备了世界水平的大规模、高通量和高效率开展农作物基因资源与基因改良研究的现代化设施，大幅度提高了我国农作物基因资源分子鉴定、基因克隆、农作物分子育种的科技创新能力，使我国种质资源研究跻身世界前列。
　　张晓强指出，农作物基因资源与基因改良重大科学工程的竣工验收是一个新起点，今后要瞄准国际科学前沿和国家战略需求，积极探索，勇攀高峰，产生更多的原创性成果，为农业可持续发展提供强有力的科技支撑；要充分发挥重大科学工程公益性平台的作用，加强设施的开放共享，促进国内外学术交流与合作，凝聚和培养更多的优秀创新人才；要认真总结工程建设经验，进一步加强管理，积极推进中国农业科学院正在承担的“国家农业生物安全科学中心”的建设工作，为我国农业又好又快发展做出更大的贡献。
　　农业部副部长张桃林在讲话时说，我国是世界上农作物基因资源最丰富的国家之一，保存数量居世界第二位，遗传多样性十分丰富，其中蕴藏着大量的、具有重大应用前景的新型基因。利用分子生物学技术开展农作物基因资源鉴定、发掘有重大应用前景的新基因，加快优异种质创新和分子育种，已成为不断提高农作物产量和质量的有效方法，是我国农业可持续发展的根本途径。通过国家发展和改革委员会等有关部门的强力支持而建成的农作物基因资源与基因改良重大科学工程，形成了一个设施齐全、设备先进、管理科学、运转高效的分子生物学研究共享技术平台，吸引了一大批国内外知名专家进行原始创新，承担了很多国家级和国际合作项目，在新基因发掘及农作物优质抗逆分子育种等方面取得显著进展，多项研究成果达到国际领先水平，充分证明重大科学工程决策的高瞻远瞩和科学有效，也为我国今后建设高水平农业科研项目积累了丰富、宝贵的经验。
　　张桃林指出，农作物基因资源与基因改良重大科学工程通过国家验收后，将进入良性运行管理、全面发挥效益的新阶段。中国农业科学院及有关研究所要按照十七届五中全会关于“坚持把科技进步和创新作为加快转变经济发展方式的重要支撑”的要求，深入贯彻落实科学发展观，切实做好“十二五”农业科技发展规划，增强自主创新能力，壮大创新人才队伍，进一步推进运行管理机制、科研协作机制、人才培养与考核评价机制等制度创新，使其成为我国作物基因资源与基因改良的学科发展基地、技术创新基地、高级人才培养基地和国内外学术交流基地，为保障我国农业持续快速健康发展做出更大贡献。
　　据介绍，农作物基因资源与基因改良重大科学工程项目建成以来，创新管理运行机制，聚集优秀人才，积极参与国内外合作与交流，全面实现了大型仪器设备、信息和资源的开放共享，部分大型仪器设备实现24小时运行服务，共享率超过90%，为国内外提供各类分析测试服务50万余次，提供技术咨询5万多次。目前年接纳客座研究人员近500人，提供资源信息服务60万人次，提供农作物优异种质4万余份次。该工程项目建设以来，围绕国家粮食安全等重大需求，获得了种质资源评价创新利用、小麦品质评价体系、矮败小麦、转基因抗虫棉、高产抗虫三系杂交棉、高产大豆、转植酸酶基因玉米等标志性成果，极大地提升了我国农业科技自主创新能力和国际竞争力，促进了生物育种产业的发展，为保障国家粮食等主要农产品生产提供了强有力的科技支撑，使我国基因资源与基因改良研究跻身世界前列。该工程项目还获得国家科技进步一等奖3项、二等奖5项；审定水稻、小麦、玉米、大豆、棉花等新品种95个，获新品种权26个；申请专利158项，获得专利81项；在核心期刊发表论文1958篇，其中SCI收录543篇，出版著作131部。